From a969ee69f6047c90e7ae7cf23cc4c7794fb2d96a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: "yassin.refahi" <yassin.refahi@gmail.com>
Date: Fri, 3 Apr 2020 18:10:30 +0200
Subject: [PATCH] Remove the ignored directory geneExpressionData
---
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.../L1L2/patterns_96h_L1_L2.pat | 2239 ---
.../AtlasViewerFormat/L2/.gitkeep | 0
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_10h_L2.pat | 615 -
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_120h_L2.pat | 2555 ---
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_132h_L2.pat | 4036 -----
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_40h_L2.pat | 751 -
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_96h_L2.pat | 959 -
.../AtlasViewerFormat/README.md | 23 -
.../AtlasViewerFormat/allcells/.gitkeep | 0
.../allcells/patterns_10h.pat | 1908 --
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27 files changed, 74073 deletions(-)
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index e69de29..0000000
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deleted file mode 100644
index e69de29..0000000
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deleted file mode 100644
index e69de29..0000000
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\ No newline at end of file
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-atRp52
-s.
\ No newline at end of file
diff --git a/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md b/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md
deleted file mode 100644
index 4215ffc..0000000
--- a/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md
+++ /dev/null
@@ -1,23 +0,0 @@
-## Gene expression data in AtlasViewer format
-
-Each folder contains gene expression data in AtlasViewer format for a specific
-layer (L1, L2, L1&L2) and all cells.
-
-To visualise patterns, first run AtlasViewer via atlasviewer/launch_aviewer.py.
-Drag and drop the segmentation file and the visualization widget and then drag
-and drop the pattern file. Select the genes to visualize form the right pane and
-click "Atlas gene expression" button from the AtlasViewer menu.
-
-To read the .pat files in the folders:
-
-import cPickle
-
- fobj = file("patternFileName.pat")
-
- patterns = cPickle.load(fobj)
-
- fobj.close()
-
-
- #patterns is a Python dictionary whose keys are genes and values are cell
- labels expressing the gene.
\ No newline at end of file
diff --git a/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/.gitkeep b/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/.gitkeep
deleted file mode 100644
index e69de29..0000000
diff --git a/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat b/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat
deleted file mode 100644
index 3ee2a2f..0000000
--- a/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat
+++ /dev/null
@@ -1,1908 +0,0 @@
-(dp1
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-aI304
-aI311
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-aI354
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-aI358
-aI363
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-aI519
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