From 7613b4133ee5f76ade3a810a5b8870f44095eab8 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: "yassin.refahi" <yassin.refahi@gmail.com>
Date: Fri, 3 Apr 2020 18:15:07 +0200
Subject: [PATCH] add gene expression data
---
data/geneExpressionData/.gitkeep | 0
.../AtlasViewerFormat/.gitkeep | 0
.../AtlasViewerFormat/L1/.gitkeep | 0
.../AtlasViewerFormat/L1/patterns_10h_L1.pat | 738 +
.../AtlasViewerFormat/L1/patterns_120h_L1.pat | 3525 ++++
.../AtlasViewerFormat/L1/patterns_132h_L1.pat | 5727 ++++++
.../AtlasViewerFormat/L1/patterns_40h_L1.pat | 883 +
.../AtlasViewerFormat/L1/patterns_96h_L1.pat | 1364 ++
.../AtlasViewerFormat/L1L2/.gitkeep | 0
.../L1L2/patterns_10h_L1_L2.pat | 1279 ++
.../L1L2/patterns_120h_L1_L2.pat | 5961 ++++++
.../L1L2/patterns_132h_L1_L2.pat | 9639 ++++++++++
.../L1L2/patterns_40h_L1_L2.pat | 1550 ++
.../L1L2/patterns_96h_L1_L2.pat | 2239 +++
.../AtlasViewerFormat/L2/.gitkeep | 0
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_10h_L2.pat | 615 +
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_120h_L2.pat | 2555 +++
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_132h_L2.pat | 4036 +++++
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_40h_L2.pat | 751 +
.../AtlasViewerFormat/L2/patterns_96h_L2.pat | 959 +
.../AtlasViewerFormat/README.md | 23 +
.../AtlasViewerFormat/allcells/.gitkeep | 0
.../allcells/patterns_10h.pat | 1908 ++
.../allcells/patterns_120h.pat | 9759 ++++++++++
.../allcells/patterns_132h.pat | 15109 ++++++++++++++++
.../allcells/patterns_40h.pat | 2026 +++
.../allcells/patterns_96h.pat | 3427 ++++
27 files changed, 74073 insertions(+)
create mode 100644 data/geneExpressionData/.gitkeep
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/.gitkeep
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/.gitkeep
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_10h_L1.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_120h_L1.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_132h_L1.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_40h_L1.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_96h_L1.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1L2/.gitkeep
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1L2/patterns_10h_L1_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1L2/patterns_120h_L1_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1L2/patterns_132h_L1_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1L2/patterns_40h_L1_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1L2/patterns_96h_L1_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L2/.gitkeep
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L2/patterns_10h_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L2/patterns_120h_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L2/patterns_132h_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L2/patterns_40h_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L2/patterns_96h_L2.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/.gitkeep
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_120h.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_132h.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_40h.pat
create mode 100644 data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_96h.pat
diff --git a/data/geneExpressionData/.gitkeep b/data/geneExpressionData/.gitkeep
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/.gitkeep b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/.gitkeep
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/.gitkeep b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/.gitkeep
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_10h_L1.pat b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_10h_L1.pat
new file mode 100644
index 0000000..229fff8
--- /dev/null
+++ b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_10h_L1.pat
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\ No newline at end of file
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_120h_L1.pat b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/L1/patterns_120h_L1.pat
new file mode 100644
index 0000000..673b203
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index 0000000..e69de29
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index 0000000..a721fb8
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\ No newline at end of file
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index 0000000..87fd8c1
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\ No newline at end of file
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index 0000000..4881575
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\ No newline at end of file
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+aI253
+aI405
+atRp52
+s.
\ No newline at end of file
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md
new file mode 100644
index 0000000..4215ffc
--- /dev/null
+++ b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md
@@ -0,0 +1,23 @@
+## Gene expression data in AtlasViewer format
+
+Each folder contains gene expression data in AtlasViewer format for a specific
+layer (L1, L2, L1&L2) and all cells.
+
+To visualise patterns, first run AtlasViewer via atlasviewer/launch_aviewer.py.
+Drag and drop the segmentation file and the visualization widget and then drag
+and drop the pattern file. Select the genes to visualize form the right pane and
+click "Atlas gene expression" button from the AtlasViewer menu.
+
+To read the .pat files in the folders:
+
+import cPickle
+
+ fobj = file("patternFileName.pat")
+
+ patterns = cPickle.load(fobj)
+
+ fobj.close()
+
+
+ #patterns is a Python dictionary whose keys are genes and values are cell
+ labels expressing the gene.
\ No newline at end of file
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/.gitkeep b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/.gitkeep
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat
new file mode 100644
index 0000000..3ee2a2f
--- /dev/null
+++ b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat
@@ -0,0 +1,1908 @@
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\ No newline at end of file
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