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new file mode 100644
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\ No newline at end of file
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new file mode 100644
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\ No newline at end of file
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+atRp52
+s.
\ No newline at end of file
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md
new file mode 100644
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--- /dev/null
+++ b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/README.md
@@ -0,0 +1,23 @@
+## Gene expression data in AtlasViewer format
+
+Each folder contains gene expression data in AtlasViewer format for a specific 
+layer (L1, L2, L1&L2) and all cells.
+
+To visualise patterns, first run AtlasViewer via atlasviewer/launch_aviewer.py. 
+Drag and drop the segmentation file and the visualization widget and then drag 
+and drop the pattern file. Select the genes to visualize form the right pane and
+click "Atlas gene expression" button from the AtlasViewer menu.
+
+To read the .pat files in the folders:
+
+import cPickle
+
+ fobj = file("patternFileName.pat")
+ 
+ patterns = cPickle.load(fobj)
+ 
+ fobj.close()
+ 
+ 
+ #patterns is a Python dictionary whose keys are genes and values are cell 
+ labels expressing the gene.
\ No newline at end of file
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/.gitkeep b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/.gitkeep
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..e69de29bb2d1d6434b8b29ae775ad8c2e48c5391
diff --git a/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..3ee2a2f4995510f31381068a270fb653ffbb36e0
--- /dev/null
+++ b/data/geneExpressionData/AtlasViewerFormat/allcells/patterns_10h.pat
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